从美国回来后，弗洛伊德一心致力于将自己的精神分析理论扩展到更多的领域中去。然而此时的荣格却把每周的大部分时间都用于对神话学的进一步钻研上。两人的通信中，分歧逐渐扩大了。

1910年初，荣格给弗洛伊德的回信中写道：“诸多误会已经出现，我真不明白，你怎么会对我产生了如此误解？”1910年6月26日，荣格写给弗洛伊德的长信中，将自己对于神话学的阅读研究同弗洛伊德的性乱伦说进行了比较，从字里行间隐约预示出两人的分歧已不可避免。1911年11月14日荣格在一封信中写道：“事情必定会如此……你发掘出宝石，而我所要做的是对宝石进一步加工修整。”

从中我们不难窥到，两人的关系已进入越来越微妙的阶段。荣格不再甘心笼罩在弗洛伊德的影子下了。

决裂

在经过一段火热的阶段后，两人间的关系开始变得微妙起来。随着荣格陷入到对象征、神话宗教文献以及玄学的狂热兴趣和研究中――也正是这一研究中，荣格开始发展出不同于弗洛伊德的理论――荣格性格中独立的一面越来越浮现出来。而弗洛伊德似乎要迫不及待地指望在荣格面前维护他已意识到的并不稳固的绝对权威。于是，两人间的冲突不再只是理论上的分歧了，还增添了两人性格上的冲突。

1911年9月弗洛伊德与荣格妻子埃玛的谈话象征性地表现了这一点。

弗洛伊德说，他的孩子已长大，他的婚姻生活已得到报偿，对他来说没有什么事可做了，只有等待死亡。埃玛回答，作为一个“伟大男人的子女而又能泰然处之”很不容易，特别是作为弗洛伊德的孩子更是如此，因为他所表现的作为父亲的那种威严特征相当突出。埃玛向弗洛伊德建议，应该处理好孩子与他之间出现的麻烦。后来埃玛写给弗洛伊德的信中写道：“别怀着父亲那样的感情去看待卡尔•荣格……应该象普通人对待另一个人那样，他像你一样，得按照他自己的意愿去完成了他想做的事。”

这段时间的荣格，正在写作《变形的象征》这一重要著作。写到书的最后一章《代价》时，他却不得不暂时中止了写作，当心绪紧张到无法抑制时，他甚至无法握住他一直使用的那支略显笨拙的自来水笔。因为他清楚意识到在此书中公开自己的观点，很可能意味着会失去弗洛伊德的友谊。“是应该不把我自己的观点公开表露呢？还是置对我来说是如此重要的工作而不顾呢？”荣格陷入无法排遣的忧虑中。如果说，不愿同弗洛伊德决裂的抗拒力对荣格来说是非常强烈的话，那么冲破他的无意义的束缚，确信自己的观点正确，而相信弗洛伊德的理论是错误的那股力量慢慢地击退了一切犹豫。他又提起笔继续写这至关重要的一章。他越写越多，然而心情沉重――预感到弗洛伊德决不会接受他对于乱伦问题所作的解释。

紧接着出现了另一件事。弗洛伊德在克伦兹里根停留两天，希望与荣格见面。但荣格却让弗洛伊德白白等了两天。或许荣格已清楚地意识到他对弗洛伊德的背叛，因此担心不论他做出何种解释，同弗洛伊德的一场真正的决裂已无法避免，这种决裂是他所希望的，他日渐明白这就是自己成长所要付出的代价。但又使他深感痛楚不安。

对荣格来说，实际生活中的重大时刻终于降临了。他的著名论文分两部分发表了。弗洛伊德从中嗅到了文中“离经叛道”的味道。已经经历了一桩又一桩的背离行为的弗洛伊德又一次陷入苦恼之中。1912年6月13日，弗洛伊德写信给荣格说，不必因为理论上的分歧而影响个人之间的关系，这封信暂时使两人的紧张关系得以缓和。