然而，荣格此时已经不能接受这种暂时的妥协了。要求独立的他对弗洛伊德的权威发起了挑战。

1912年9月，荣格再次到美国讲学，并赢得热烈的反响，这坚定了荣格加速同弗洛伊德理论对立的信心。在演讲中，荣格虽然一方面仍然对弗洛伊德的勇气胆量以及执着、恒心，表示由衷的敬佩，但同时也进一步提出并阐述自己的理论。他批评弗洛伊德的性理论是太狭隘了，他认为里比多的概念必须重新加以界定。另外，荣格猛烈抨击回返婴幼儿期的理论。荣格认为导致病因学意义上的冲突主要发生在现在，而不是弗洛伊德所强调的是在过去。

1912年的这次美国之行，进一步扩大了心理分析运动在美国的影响。然而荣格的努力却是建立在与公认的弗洛伊德理论相偏离的前提下的。

1912年11月在荣格提议下，两人见了一次面。在经过较长时间的交谈后，弗洛伊德相信自己和荣格间的所有矛盾已经解决。他认为自己选中的皇储已经放弃了任何想逊位的念头。然而就在一次午餐快结束的时候，发生了弗洛伊德的第二次昏倒。这次“癔症性晕厥”或许是由于弗洛伊德无法正视荣格背叛自己的可能性；或许是他看穿了荣格与他决裂的决心。总之，事实证明了两人间的决裂已经事在难免。

1912年底的通信引发了两人的最后决裂。荣格在一封信中写道：

“恕我诚恳地对你直言，如果你并不反对的话。我得承认，对于你，我的感情是矛盾的。不过，我还是愿意坦率地，开诚布公地表明我对咱们间一些问题的看法。如果对此有所怀疑，对你将是极大的不幸。不管怎么样，我得说，你用对待你的病人那样的方式来对待你的学生本身就是一大错误。这样一来，你所指望而且造就的不是奴性十足、盲从的儿子，就是轻率浅薄的小人。我确实十分客观地看穿了你玩弄的这种小小伎俩。你在你的周围到处施加个个影响，使每一个人在你面前都降低到儿女般的地位。他们不得不痛心疾首承认自己的疏忽和过失以及生命的卑微。而你却旁若无人稳坐在父亲的高座上。出于绝对顺从献媚，没有谁敢于公然对告知，甚至哪怕是对你上一次向病人所说的话表示怀疑，他们没有勇气去对分析者进行分析，只是满足于被别人分析的地位。在这种情况下，倘若有谁敢这样做，你肯定会这样问他――是谁得了神经症？

你看，亲爱的教授，如果你以此来对待我，我对我的所作所为压根儿满不在乎，同我的弗洛伊德兄长的犀利而令人畏惧的目光相比，它们断然暗淡无光。”

我们看到，此时的荣格早已不再是甘心情愿笼罩在弗洛伊德羽翼下的荣格了。羽翼渐丰的荣格不愿意再受到弗洛伊德的荫护。他需要走自己的路了。这正如一个孩子长大了，要独立了，他不再依靠父亲。相反地，他为了摆脱父亲的控制，他不得不做得绝情一些。

弗洛伊德对于荣格用这样的口气深为不安，觉得蒙受了耻辱。在一封没有寄出的信中他写道：“你断言，由于我滥用心理分析，使我的学生处于一种孩子般的依附地位。对于他们的这种幼稚行为，我本人要负责任。正是基于这种推断，你得出了你自己的结论。我不愿对此作出任何判断，因为涉及一个人的这种判断是很困难的事，而且，这种判断也不能使任何人信服……在维也纳，我早已习惯于来自反面的指责，这就是说，我对我的学生的分析和观点，并不那么感兴趣。”

1913年3月，荣格给弗洛伊德只写了一封信。3月27日弗洛伊德写给阿伯拉罕的信中说“我对他已经感到失望，也不再有任何友谊而言。对于我来说，他的荒谬的理论并不能只归咎于他那难以令人相处的秉性。”不过，一直到1913年晚些时候，弗洛伊德和荣格两人仍在努力不使个人间意见的分歧影响他们在共同事业上的联系，以免导致完全决裂。弗洛伊德乐观地认为，尽管彼此间的不和现在已经成为众所周知的事，而且确已损害了他们个人的联系，但是恢复过去曾有过的合作也并非不可能。